Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα…

O Fiore, φίλος του Mamoru από τη παιδική του ηλικία που δεν μπορούσε να επιβιώσει στη γη, γυρίζει με τα λουλούδια που είχε υποσχεθεί στο Mamoru.Το διαβολικό φυτό Kisenian όμως…