Οι ήρωες μας πρέπει να προστατεύσουν τον Μάναφι, πρίγκιπα της θάλασσας, από τον κακό πειρατή Φάντομ και να επιστρέψουν τον νεαρό Πόκεμον στον θαλάσσιο ναό με τη βοήθεια των ανθρώπων…

Ένας κομήτης που φέρει ένα θανάσιμο Pokemon πλάσμα πέφτει πάνω στη Γη, κοντά σε μια πόλη υψηλής τεχνολογίας και την τρομοκρατεί, την οποία ο Ash, ο Pikachu και οι φίλοι…