Η ιστορία θέλει τα Χελωνονιντζάκια να ταξιδεύουν πίσω στον χρόνο, στην Κρητιδική περίοδο, όπου συναντούν φιλικούς δεινόσαυρους από το παρελθόν και επικίνδυνους εξωγήινους από το μέλλον. Τα πράγματα γίνονται ακόμα…